Los vestigios son de una antigua villa romana del siglo II d.C, junto a los de necrópolis visigodas del siglo V, que aprovecharon las ruinas para ocuparlas ordenadamente con sus coetáneos ya desaparecidos.

No nos cabe la menor duda de la trascendencia én la historia de este valle del Henares más aún con la llegada de los árabes, quienes desde un primer momento, se percataron de la peculiaridad de la zona; no en vano dejaron, entre otras muchas cosas, el nombre de origen arábigo para el pueblo. 

Ya en plena Reconquista, cuando las tropas de Alvar Fáñez en el 1085 inician la toma de Guadalajara y sus alrededores, la fisonomía de Azuqueca era tan ínfima que la hacía pertenecer como aldea a la ciudad de Guadalajara. 

La frontera entre Edad Media y Moderna, nos va a proporcionar el inicio de todo tipo de documentación escrita sobre Azuqueca. De ahí sabemos que en 1499 "Azuqueca tiene un curato por anejo al de Quer", esto es, una parroquia que compartía cura con la de Quer, pueblo vecino, dependiendo de ella. No es de extrañar entonces, que años más tarde, 1570, leamos que "en Açuqyca hay un beneficio curado anexo al curado de Quer". 

De todo ello podemos sacar varias conclusiones, desde lo pequeños del pueblo a lo reducido de su población y sobre todo, a que está contrastada la existencia de la Iglesia Parroquial de san Miguel desde finales del siglo XV, lo que nos demuestra con certeza, la importancia manifiesta del lugar por la longevidad de algunos edificios. 

Ladrillo, tapial, escasez de piedras, etc.; los materiales constructivos que predominarán en esta zona durante la repoblación son pobres con respecto a otros lugares, explicándonos la desaparición de fortificaciones por la calidad de sus componentes y el empleo de otros más ligeros. 

La siguiente muestra de la aparición de Azuqueca en la historia, la encontramos en las relaciones topográficas de Felipe II realizadas hacia 1575 donde, a modo de cuestionario, se responde a unas preguntas generales que servirán para conocer mejor a sus contemporáneos y a nosotros, la España del XVI. Se especificaba en ellas "que las casas del dicho lugar son de tapiería y ladrillo y cal y yeso... que en dicho lugar se cuenta al presente unos cincuenta vecinos", tomando ahora como vecino a la unidad familiar, que para la época, según diversos autores podría señalarse como referencia 4,5 personas por vecino, o tal vez 5 y hasta 7. Nosotros apostaremos a un cierto equilibrio para la zona y nos apoyaremos en 5, por lo que el número de habitantes era de unos doscientos cincuenta, la mayoría de los cuales son "gente pobre... labradora de tierra de labor de pan, que en ella se coge trigo y debada de buena manera" y vivían en un pequeño pueblo donde "hay una fuente muy antigua del tiempo de los moros, que nadie hay que sepa donde nacie, sino que está en cañada con sus arcabuces de barro y está en medio del puebli", normal en un lugar tan rico en manantiales subterráneos, no en vano, siglos más tarde se reconoce haber "muy cerca de la Iglesia, una hermosa fuente de los dos caños para el uso de los vecinos". 

En marzo de 1628, Dª Mariana de Ibarra y Velasco, Marquesa de Salinas, hija del conquistador de las Américas, D. Diego de Ibarra y nuera del primer Marqués de Salinas, D. Luis de Velasco, Virrey de Nueva España, Perú y Presidente del Real Consejo de Indias, comprará el todavía "lugar" de Azuqueca al rey Felipe IV para hacerlo "villa", pasando a pertenecerles como una propiedad más del "Señorío, jurisdicción y vasallaje... como alhaja del mayorazgo", residiendo la mayoría de la familia desde 1614 en Acequilla, a la que nos emparienta una historia paralela. 

Hay que esperar hasta 1751 para volver a cotejar información de la villa de Azuqueca de Henares en el Catastro del Marqués de la Ensenada; como dato atractivo se comenta "que en la población de esta villa hay sesenta y cuatro casas habitadas, diez parajes, un granero y otras posesiones como palomares, bodegas... y el número de vecinos de que se compone la población de esta villa es de sesenta y nueve individuos, viudad y pobres", rondando ya la población las trescientas personas. 

En el primer cuarto del siglo XIX, Azuqueca cuenta con "76 vecinos, 268 habitantes, 76 casas, entre ellas seis regulares y dos medianas posadas", lo que nos demuestra que ahora, además de mencionar vecinos, se aclara el número real de personas, figurando como habitantes o almas, viendo que al menos en este pueblo, la media por unidad familiar ha disminuido hasta aproximadamente 3,5 por vecino. 

Baste con asomarnos a otra estadística de 1846, la ya conocida de Madoz, para encontrarnos con que en el municipio hay "88 casas en estado ruinoso las más, sin formar calles, excepto la llamada Calle Mayor que presenta algún orden y la plaza que es muy grande y la ocupan las mejores casas... con una población de 88 vecinos y 292 almas". 

Analizando escuetamente la población de Azuqueca a través de unos cuatrocientes años, nos daremos cuenta del escaso crecimiento población hasta mediados del siglo XX: